Στις 29 Μαϊου, ο Κεμάλ ανέθεσε στον τσέτη Τοπάλ Οσμάν την επιχείρηση για τη διενέργεια μαζικών επιχειρήσεων κατά του τοπικού πληθυσμού. Σε αυτό το πλαίσιο, πραγματοποιήθηκαν οι σφαγές και οι εκτοπίσεις των Ελλήνων στη Σαμψούντα και σε 394 χωριά της περιοχής, κατοικημένα από ελληνικούς πληθυσμούς. Σχετικές αναφορές έχουν καταγραφεί από το ελληνικό Υπουργείο Εξωτερικών, καθώς και από τον Αμερικανό πρέσβη Χένρυ Μοργκεντάου.

Μεταξύ Φεβρουαρίου και Αυγούστου 1920 πραγματοποιήθηκε η πυρπόληση της Μπάφρας και η μαζική εξόντωση των 6.000 Ελλήνων που είχαν σπεύσει να βρουν προστασία στις εκκλησίες της περιοχής. Συνολικά, από τους 25.000 Έλληνες που ζούσαν στις περιοχές της Μπάφρας και του Ααζάμ, το 90% δολοφονήθηκε, ενώ από τους υπόλοιπους, οι περισσότεροι εκτοπίστηκαν στο εσωτερικό της Μικράς Ασίας.

Οι προύχοντες και οι προσωπικότητες του πνεύματος, συνελήφθησαν και καταδικάστηκαν σε θάνατο από τα αποκαλούμενα "Δικαστήρια της Ανεξαρτησίας" στην Αμάσεια, κατά τον Σεπτέμβριο του 1921. Παράλληλα, σημειώνονταν και εξαναγκαστικές αποσπάσεις νεαρών κοριτσιών και αγοριών από τις οικογένειές τους, τα οποία δίνονταν για τα χαρέμια των εύπορων Τούρκων.

Το ζήτημα του πλήθους των θυμάτων των διωγμών κατά τη δεκαετία που διήρκεσε ως και τη Μικρασιατική Καταστροφή απασχολεί μελετητές και ακτιβιστές που επιζητούν την αναγνώρισή των γεγονότων ως γενοκτονίας και συναρτάται με το ερώτημα του πλήθους των Ελλήνων που ζούσαν στη Μικρά Ασία την περίοδο έναρξης του Α' Παγκοσμίου Πολέμου.

Στην περίπτωση του Πόντου, ο μελετητής και πρόσφυγας ο ίδιος Γεώργιος Βαλαβάνης καθιέρωσε το 1925 τον αριθμό των 353 χιλιάδων θυμάτων, τον οποίο εν συνεχεία αναπαρήγαγαν οι ακτιβιστές της ποντιακής γενοκτονίας με αποτέλεσμα να γίνει επίσημα αποδεκτός και να επαναλαμβάνεται σε όλες τις σχετικές τελετές μνήμης. Ο πολιτικός επιστήμονας Ρούντολφ Ράμμελ εκτιμά ότι στοίχισε τη ζωή περίπου 326.000-382.000 Ελλήνων. Τον αριθμό των 350.000 νεκρών στον Πόντο κατά την περίοδο της γενοκτονίας των Αρμενίων, 1915-1923, επαναλαμβάνουν οι μελετητἐς γενοκτονιών Σάμιουελ Τότεν και Πωλ Μπάρτροπ. Ο δημοσιογράφος και ιστορικός Τάσος Κωστόπουλος απέδειξε ότι ο αριθμός αυτός του Βαλαβάνη προέκυψε με την αυθαίρετη πρόσθεση 50.000 στον αριθμό των 303.238 εκτοπισθέντων που ανέφερε ένα φυλλάδιο του 1922, οι οποίο παρουσιάζονταν όχι ως εκτοπισμένοι αλλά ως εξολοθρευθέντες. Ο Κωστόπουλος υπολογίζει σε περίπου 100-150.000 τους εξολοθρευθέντες την περίοδο 1912-1924 στον Πόντο.

Το κύμα μαζικών διώξεων ξεκίνησε στον Πόντο με τη μορφή εκτοπίσεων το 1915. Υπάρχουν τέσσερις βασικοί λόγοι για τους οποίους επιλέχθηκε το έγκλημα της θηριωδίας των εκτοπίσεων ως ο βέλτιστος τρόπος εξόντωσης: α) η σχέση κόστους - αποτελεσματικότητας της εξόντωσης, β) μειώνεται η ψυχολογική πίεση σε μεμονωμένους δράστες (πεθαίνουν αντί να θανατώνονται), γ) επέρχεται κοινωνική σύγχυση, αναστάτωση και απομόνωση των θυμάτων (διαταράσσονται κοινωνικοί δεσμοί και δίκτυα, καταστρέφονται οι κοινωνικοί ιστοί, αφαιρούνται εξουσίες και δεσμοί που μπορούσαν να οδηγήσουν σε αντιστάσεις), δ) αποφεύγεται η έκθεση σε κοινή θέα (θανάτωση μακριά από πυκνοκατοικημένες περιοχές). Έτσι, γίνεται εξαιρετικά εύκολα η απόκρυψη των αποδείξεων του εγκλήματος

Η τουρκική ήττα κατά τον ρωσοτουρκικό πόλεμο στην περιοχή, στο Σαρικαμίς, στη βόρεια περιοχή της Μικράς Ασίας το 1915, αποδόθηκε στους Έλληνες που υπηρετούσαν στον οθωμανικό στρατό. Ως συνέπεια αυτού, όλοι οι στρατολογημένοι Πόντιοι εξαναγκάστηκαν σε στρατολόγηση στα τάγματα εργασίας[49]. Έτσι δεν άργησαν να εκδηλώνονται κύματα λιποταξίας, με τον κόσμο να καταφεύγει στα βουνά. Μάλιστα, στην επαρχία Κερασούντας, για αυτό τον λόγο, κάηκαν 88 χωριά ολοσχερώς μέσα σε τρεις μήνες. Οι Έλληνες της επαρχίας, περίπου 30.000, αναγκάστηκαν να διανύσουν, πεζοί, πορεία προς την Άγκυρα κατά τη διάρκεια του χειμώνα. Αναπόφευκτα, το ένα τέταρτο αυτών πέθαναν καθ' οδόν.

Οι εκτοπίσεις συνεχίζονταν ακατάπαυστα και κατά την εποχή που τα ρωσικά στρατεύματα εισήλθαν στην Τραπεζούντα στις αρχές του 1916. Ιδιαίτερα με το πρόσχημα ότι οι Πόντιοι υποστήριζαν τις κινήσεις των Ρώσων, μεγάλος αριθμός κατοίκων από τις περιοχές της Σινώπης και της Κερασούντας εκτοπίστηκαν στην ενδοχώρα της Μικράς Ασίας. Σημειώθηκαν επίσης και εξαναγκαστικοί εξισλαμισμοί γυναικών.

Πόντιοι αντάρτες

Οι διώξεις προκάλεσαν τη δημιουργία θυλάκων αντίστασης από τους Πόντιους. Τελικά οι διώξεις εντάθηκαν με την έκδοση διατάγματος, τον Δεκέμβριο του 1916, που προέβλεπε την εξορία όλων των ανδρών από 18 ως 40 ετών και τη μεταφορά των γυναικόπαιδων στο εσωτερικό της Μικράς Ασίας. Η εφαρμογή αυτού του μέτρου ξεκίνησε από την Άνω Αμισό και στην Μπάφρα.[49] Στην επαρχία Αμάσειας, 72.375 Έλληνες, από τους συνολικά 136,768, εκτοπίστηκαν, από τους οποίους το 70% πέθανε από τις κακουχίες.[51] Πολλοί Πόντιοι θέλησαν να αντισταθούν, οργανώνοντας, στις ορεινές εκτάσεις του Πόντου, αντάρτικα εναντίον του τακτικού στρατού, όπως στη Σάντα.

Στον Άγιο Γεώργιο Πατλάμ της Κερασούντας είχαν συγκεντρωθεί 3.000 Έλληνες, οι οποίοι έγκλειστοι και σε συνθήκες ασιτίας από τις οθωμανικές αρχές, βρήκαν αργό θάνατο. Κατά τη διάρκεια του Α' Παγκοσμίου Πολέμου εξορίστηκαν συνολικά 235.000 Πόντιοι, ενώ 190.000 μετανάστευσαν στη Ρωσία.. Ταυτόχρονα όμως, λιγότερο έντονες ήταν οι διώξεις που υπέστησαν, τότε, οι Έλληνες του ανατολικού Πόντου, στην περιοχή της Τραπεζούντας, κυρίως λόγω της ικανότητας του μητροπολίτη Τραπεζούντας Χρύσανθου να συνδιαλλάσσεται με τις τοπικές αρχές, αλλά και από το γεγονός ότι από τον Απρίλιο του 1916 η περιοχή καταλήφθηκε από τον ρωσικό στρατό.

 Ωστόσο, μετά την επικράτηση των μπολσεβίκων και την ανατροπή του τσάρου Νικολάου Β', υπογράφηκε η συνθήκη Μπρεστ - Λιτόφσκ, βάσει της οποίας οι σοβιετικοί τερμάτιζαν την εμπλοκή τους στον Α' Παγκόσμιο Πόλεμο, συνομολογούσαν ειρήνη με τις Κεντρικές Δυνάμεις και αποχωρούσαν από τα προηγουμένως καταληφθέντα εδάφη του Ανατολικού Πόντου. Η αποχώρηση, που ξεκίνησε τον Ιανουάριο του 1918 και ολοκληρώθηκε το Φεβρουάριο, οδήγησε σε έξαρση των βιαιοπραγιών από Τούρκους άτακτους (τσέτες) σε βάρος των απροστάτευτων τώρα, χριστιανικών πληθυσμών της περιοχής. Ταυτόχρονα, οι σοβιετικοί εγκατέλειψαν τον εξοπλισμό και τα πολεμοφόδιά τους, τα οποία περιήλθαν στα χέρια των ατάκτων Οθωμανών. Από το 1914 έως το 1918, περισσότεροι από 230.000 Πόντιοι έχασαν με αυτόν τον τρόπο τη ζωή τους.

Σύμφωνα με εκτιμήσεις του επισκόπου Τραπεζούντας, ο αριθμός των θυμάτων αυτών των πολιτικών ανήλθε, για εκείνο το διάστημα, σε 100.000 περίπου. Δεν έπαψαν και οι διαμαρτυρίες από Αυστριακούς και Αμερικανούς διπλωμάτες κατά της οθωμανικής κυβέρνησης.

. Μετά την Ανακωχή του Μούδρου (30 Οκτωβρίου 1918), εκδόθηκε σουλτανικό διάταγμα που χορηγούσε αμνηστία στους Πόντιους αντάρτες, οι οποίοι κλήθηκαν να παραδώσουν τα όπλα τους και να επιστρέψουν στις εστίες τους. Όμως, παρά την εξαγγελία, οι περισσότεροι από αυτούς που αφοπλίστηκαν, είτε δολοφονήθηκαν είτε φυλακίστηκαν.

-Mια μαρτυρία από το αντάρτικο του Πόντου

Ο τουρκικός στρατός έκαιγε χωριά και για να ικανοποιούνται μάζευαν γυναικόπαιδα και άντρες, τούς βάζανε μέσα στις εκκλησιές και στα σχολεία και τούς έκαιγαν ζωντανούς. Κατ’ αυτόν τον τρόπο οι Τούρκοι κατόρθωσαν να μην αφήσουν λίθον επί λίθου. Τριακόσια πενήντα με τετρακόσια χωριά πού κάποτε άνθιζαν, πού οι κάτοικοί τους ευημερούσαν και είχαν την αγάπην προς τον Θεόν, προς τη δουλειά και προς τον πλησίον, έφταναν να είναι ακόλαστοι, γιατί δεν είχαν πού την κεφαλήν κλείναι.

Όσοι κατόρθωναν, από γυναίκες και παιδία και είχαν την δύναμη και το σθένος να συμμερισθούν τον αγώνα των αντρών τους, πήγαιναν μαζί τους. Και έτσι αρχίνησε ο κάθε καπετάνιος να σκέπτεται όχι μόνο τα παλληκάρια του, αλλά και τα παιδιά και τις γυναίκες. Αυτός πλέον ήταν ο νοικοκύρης για τα τριακόσια άτομα πού ήταν στα χέρια του.»

Η μεγάλη τραγωδία ήταν ότι οι αντάρτες έπρεπε να υπερασπίζονται γέρους και γυναικόπαιδα πού τούς ακολουθούσαν κατά πόδας. Η έλλειψη τροφής, το κρύο, οι αρρώστιες και η κούραση γίνονται δυσβάστακτα όταν πρέπει να φροντίσεις ανυπεράσπιστους ανθρώπους.

«Μέσα στην πολιτεία η φυλή μας περνούσε την πιο δεινή εποχή. Στέλνανε τούς Ρωμιούς στα μπουντρούμια, στις φυλακές. Αυτοί οι αγαθοί άνθρωποι του χωριού και του βουνού, χωρίς να φταίνε σε τίποτα, ζούσαν πίσω από της φυλακής τα σίδερα. Και το χειρότερο: είχαν στήσει κρεμάλες στο μεϊντάνι πού ήταν το ρολόι της πλατείας της Αμισού, γύρω γύρω, και κάθε βράδυ κρεμνούσαν πενήντα! Τα ξύλα ήταν καρφωμένα και τα μετρούσα, ήμουνα παιδί 14 χρονών. Ήταν πενήντα κρεμάλες. Κρεμούσαν και γυναίκες αλλά πιο πολύ άντρες, ανθρώπους αγαθούς, δίκαιους, με την παραμικρή αφορμή…

Βγαίνοντας από την Αμισό, οι άνθρωποι του Τοπάλ Οσμάν ήθελαν να μας δώσουν ένα γερό μάθημα. Ο Τοπάλ Οσμάν, ήθελε να κάνει ένα περίπατο μέχρι τα βουνά μας, γιατί σαν έναν περίπατο λογάριαζε την σύγκρουση μαζί μας, σε τέτοιο βαθμό δεν μάς έδινε σημασία. Οι άνθρωποι του Οσμάν ενώ ζύγωναν στα δάση μας κρατούσαν τα τουφέκια τους σαν γκλίτσες. Νόμιζαν ότι θα αντιμετωπίσουν γυναικόπαιδα. Με τη μακροχρόνια πείρα μας, με τις ματιές πού τούς ρίχναμε μέσα από τις φυλλωσιές, ζυγίζαμε την πολεμική τους ικανότητα….

Ρίχναμε αραιά αραιά και νόμιζαν πώς ήμασταν λίγοι. Κάναμε το «Δ» πού ήταν σαν μια φάκα. Εν τω μεταξύ συγκεντρώσαμε από παντού 2.000 τουφέκια, ως και από το Καράπερτσιν είχαμε ενισχύσεις. Δεν γλύτωσαν γιατί ήταν βουνά, δάση και τα αειθαλή εκείνα δέντρα πού ήταν αδύνατο να γλυτώσει κανείς. Αυτά τα υπολείμματα τού Τοπάλ Οσμάν έτσι εξοντώθηκαν. Είχανε κάνει όμως πάρα πολλά. Βάζαν τούς Χριστιανούς μέσα στις εκκλησιές και μέσα στα σχολειά και τούς καίανε ζωντανούς.»

 «… Οι σφαίρες των υπερασπιστών του σπηλαίου που υπεράσπιζαν οι πολεμιστές με εξακόσια και πλέον γυναικόπαιδα τελείωναν. Άλλη λύση δεν υπήρχε παρά μόνο η παράδοση.

«Υπάρχει και άλλη λύση», φωνάζει ο αρχηγός Καραβασίλογλου Γιώργης. «Θα παραδώσουμε τα πτώματα μας στους Τούρκους. Θα σκοτώσει ο ένας τον άλλον για να σώσουμε τα γυναικόπαιδα.»

Κοιτάζονται τα παλληκάρια ίσια στα μάτια. Η απόφαση είναι σκληρή, είναι απόφαση υπέρτατης θυσίας. Δίνει το περίστροφο στον Ταγκάλ Γιώργη. «Θα μας σκοτώσεις όλους και αφού σηκώσεις άσπρη σημαία θα σκοτωθείς κι εσύ».

Αγκαλιάζονται και φιλιούνται οι άγριοι πολεμιστές με δάκρυα στα μάτια. «Για την πίστη και την πατρίδα μας», φωνάζει ο καπετάνιος. Ο Ταγκάλ Γιώργης πυροβολεί. Ο πρώτος υπερασπιστής πέφτει. Ύστερα κι άλλος, κι άλλος, κι άλλος. Φτάνει στα δύο του παιδιά. Τα κοιτάζει στα μάτια και τούς ρίχνει. Δεν καταλαβαίνει τίποτα. Ρίχνει συνέχεια. Και όταν οι Τούρκοι μπαίνουν στην σπηλιά κοιτάζει κατάματα την κάννη του περιστρόφου και πυροβολεί…»